如何高效地使用藥物靶點預(yù)測系統(tǒng)
1. 賬號登錄在使用藥物靶點預(yù)測系統(tǒng)之前,首先需要登錄你的賬號。輸入系統(tǒng)的網(wǎng)址,然后填寫賬號、組織號和密碼即可成功登錄。2. 創(chuàng)建任務(wù)登錄系統(tǒng)后,點擊創(chuàng)建按鈕,會彈出一個任務(wù)創(chuàng)建框。任務(wù)創(chuàng)建包括繪制/
1. 賬號登錄
在使用藥物靶點預(yù)測系統(tǒng)之前,首先需要登錄你的賬號。輸入系統(tǒng)的網(wǎng)址,然后填寫賬號、組織號和密碼即可成功登錄。
2. 創(chuàng)建任務(wù)
登錄系統(tǒng)后,點擊創(chuàng)建按鈕,會彈出一個任務(wù)創(chuàng)建框。任務(wù)創(chuàng)建包括繪制/導(dǎo)入結(jié)構(gòu)、選擇預(yù)測方法、相似值和活性分子庫等參數(shù)。
3. 選擇參數(shù)-繪制/導(dǎo)入結(jié)構(gòu)
在任務(wù)創(chuàng)建框中,右邊窗口可以選擇繪制或者導(dǎo)入本地結(jié)構(gòu)。你可以通過點擊“添加”按鈕,在系統(tǒng)內(nèi)嵌的結(jié)構(gòu)編輯器ipmDraw中繪制結(jié)構(gòu)。也可以點擊“導(dǎo)入”按鈕,添加本地的結(jié)構(gòu)文件(mol/sdf格式)。
4. 選擇參數(shù)-選擇預(yù)測方法及相似值
添加完結(jié)構(gòu)后,根據(jù)你的需求選擇合適的預(yù)測方法和相似值。系統(tǒng)提供了二維和三維相似度算法。當(dāng)選擇二維相似度時,建議將相似值設(shè)置為70%;選擇三維相似度時,相似值設(shè)置為60%較為合適。
5. 選擇參數(shù)-選擇活性分子庫
根據(jù)你的需求選擇合適的活性分子庫。系統(tǒng)提供了兩類分子庫,一種是已上市的藥物庫,包含約2600多個已上市的藥物;另一種是配體庫,包含公開發(fā)布的活性小分子集(包括文獻、專利等),約七十萬多個。如果想得到更多的預(yù)測結(jié)果,建議選擇配體庫。
通過以上傻瓜式操作和注意事項,你可以高效地使用藥物靶點預(yù)測系統(tǒng)。希望這些簡單的步驟能夠幫助你順利獲得預(yù)測結(jié)果。請記住,正確選擇參數(shù)和合理設(shè)置相似值是得到準(zhǔn)確預(yù)測結(jié)果的關(guān)鍵。