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如何將LNCipedia導(dǎo)入UCSC基因組瀏覽器的Track

UCSC Genome Browser是一個非常強(qiáng)大的基因組分析工具,它收集并注釋了包括人類在內(nèi)的基因組中coding gene、lncRNA、miRNA等的位置結(jié)構(gòu)和功能信息。然而,對于其中一種類型

UCSC Genome Browser是一個非常強(qiáng)大的基因組分析工具,它收集并注釋了包括人類在內(nèi)的基因組中coding gene、lncRNA、miRNA等的位置結(jié)構(gòu)和功能信息。然而,對于其中一種類型的基因(比如lncRNA),其收集的完整性仍然有限。LNCipedia是一個已經(jīng)注釋的人類lncRNA轉(zhuǎn)錄本序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,將LNCipedia導(dǎo)入UCSC Genome Browser的Track可以大大增加其完備性。

導(dǎo)入LNCipedia Track至UCSC Genome Browser的步驟

以下是將LNCipedia導(dǎo)入UCSC Genome Browser的具體步驟:

1. 打開UCSC Genome Browser頁面

首先,打開UCSC Genome Browser的默認(rèn)頁面。

2. 確認(rèn)Track列表

注意到此時Tracks列表中的第一行是"Mapping and Sequencing",還沒有"LNCipedia"。

3. 獲取LNCipedia的UCSC trackhub

前往LNCipedia官網(wǎng)()獲取LNCipedia的UCSC trackhub鏈接()。該鏈接是一個文本文件(.txt)。

4. 進(jìn)入Track Data Hubs界面

返回UCSC Genome Browser頁面,點擊頁面上的"track hubs"按鈕。

5. 添加LNCipedia Trackhub

跳轉(zhuǎn)至Track Data Hubs界面后,在"My Hubs"中輸入LNCipedia的UCSC trackhub鏈接(),然后點擊"Add Hub"按鈕。

6. 選擇參考基因組版本

在彈出的界面中,選擇適用于你研究的參考基因組版本(hg19或hg38)。在這里選擇hg38。

7. 顯示LNCipedia Track

此時,UCSC Genome Browser頁面的Tracks列表中的第一行變成了"LNCipedia"。同時,瀏覽器窗口中也會出現(xiàn)相應(yīng)的LNCipedia 4.0和LNCipedia 4.0 - High Confidence Set的內(nèi)容。

通過以上步驟,你已成功將LNCipedia導(dǎo)入UCSC Genome Browser的Track,使得你可以在瀏覽器中查看和分析LNCipedia的相關(guān)信息,增加了基因組分析的完備性。

總結(jié):本文介紹了如何將LNCipedia導(dǎo)入UCSC基因組瀏覽器的Track,以增加對lncRNA基因組的完備性。通過添加LNCipedia的UCSC trackhub,用戶可以方便地在UCSC Genome Browser中瀏覽和分析LNCipedia數(shù)據(jù)庫中的lncRNA轉(zhuǎn)錄本序列和結(jié)構(gòu)信息。

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