OVITO軟件介紹OVITO是一個(gè)功能強(qiáng)大的開源分子構(gòu)型后處理軟件，其渲染能力在科學(xué)作圖領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。在高水平學(xué)術(shù)期刊中，對(duì)于分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果的展示，常常需要提供構(gòu)型的長(zhǎng)度標(biāo)尺。通過(guò)OVITO

OVITO軟件介紹

OVITO是一個(gè)功能強(qiáng)大的開源分子構(gòu)型后處理軟件，其渲染能力在科學(xué)作圖領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。在高水平學(xué)術(shù)期刊中，對(duì)于分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果的展示，常常需要提供構(gòu)型的長(zhǎng)度標(biāo)尺。通過(guò)OVITO的Python接口，用戶可以輕松實(shí)現(xiàn)這一功能。

下載OVITO并安裝

用戶可以免費(fèi)在OVITO官網(wǎng)下載該后處理軟件，而在Windows系統(tǒng)上進(jìn)行安裝流程也十分簡(jiǎn)單。用戶只需按照提示進(jìn)行操作即可完成安裝過(guò)程。

打開分子構(gòu)形文件并調(diào)整視圖

通過(guò)OVITO軟件打開所需的分子構(gòu)形文件，軟件的圖形界面會(huì)直觀地展示出這個(gè)模型。用戶可以根據(jù)需要調(diào)整視圖，以獲得滿意的顯示角度。

添加Python腳本實(shí)現(xiàn)標(biāo)尺

在OVITO軟件的菜單欄中選擇overlay->python script，這樣就可以添加一個(gè)Python腳本。點(diǎn)擊edit script進(jìn)入腳本編輯頁(yè)面，刪除默認(rèn)代碼，將提供的代碼復(fù)制粘貼到文件中。運(yùn)行該腳本后，即可在左上角添加標(biāo)尺。用戶可以根據(jù)需要調(diào)整代碼中的參數(shù)，如修改bar_length的數(shù)值來(lái)改變標(biāo)尺長(zhǎng)度，或者調(diào)整margin來(lái)改變標(biāo)尺位置。

定制化標(biāo)尺位置和長(zhǎng)度

通過(guò)修改代碼中的參數(shù)數(shù)值，用戶可以實(shí)現(xiàn)對(duì)標(biāo)尺的定制化設(shè)置。比如調(diào)整bar_length的數(shù)值可以改變標(biāo)尺的長(zhǎng)度，修改screen_length則可調(diào)整標(biāo)尺在屏幕上的顯示長(zhǎng)度，而更改margin數(shù)值可以重新定位標(biāo)尺的位置。如下圖所示，作者將標(biāo)尺放置在了左下角，展示出了不同的位置效果。

結(jié)語(yǔ)

通過(guò)OVITO軟件的強(qiáng)大功能和靈活的Python接口，用戶可以方便地為分子構(gòu)形文件添加標(biāo)尺，滿足高水平學(xué)術(shù)期刊對(duì)于圖片格式的要求。定制化的標(biāo)尺設(shè)置也使得用戶能夠更好地展示分子動(dòng)力學(xué)模擬的結(jié)果。希望本文的指導(dǎo)能幫助讀者更好地利用OVITO軟件進(jìn)行渲染和分析工作。