rMATS是一個(gè)常用的RNA測(cè)序分析工具，對(duì)于基因表達(dá)調(diào)控研究有著重要作用。然而，在Ubuntu 16.04系統(tǒng)上安裝rMATS 4.0版本會(huì)遇到一些依賴性問(wèn)題，本文將詳細(xì)介紹如何解決這些問(wèn)題并成功安

rMATS是一個(gè)常用的RNA測(cè)序分析工具，對(duì)于基因表達(dá)調(diào)控研究有著重要作用。然而，在Ubuntu 16.04系統(tǒng)上安裝rMATS 4.0版本會(huì)遇到一些依賴性問(wèn)題，本文將詳細(xì)介紹如何解決這些問(wèn)題并成功安裝并運(yùn)行rMATS。

下載rMATS 4.0.1

首先，我們需要從官方網(wǎng)站下載rMATS v4.0.1的安裝包。下載地址為：[]()。下載完成后，解壓安裝包以準(zhǔn)備后續(xù)操作。

安裝依賴文件

根據(jù)官方說(shuō)明，我們需要安裝以下依賴文件：numpy、libblas-dev、liblapack-dev、gfortran和libgsl0ldbl。在Ubuntu 16.04系統(tǒng)上，libgsl0ldbl已經(jīng)被libgsl2替代，因此我們首先需要安裝libgsl2：

```bash

sudo apt-get install libgsl-dev

```

接下來(lái)，找到libgsl2的安裝路徑：

```bash

dpkg -L libgsl2

```

然后，找到文件``的路徑，并將其復(fù)制或鏈接到`/usr/lib`目錄下：

```bash

sudo cp /usr/lib/x86_

```

最后，更新系統(tǒng)動(dòng)態(tài)庫(kù)：

```bash

sudo ldconfig

```

如果更新正常，命令行會(huì)無(wú)任何輸出。

運(yùn)行腳本

根據(jù)官方說(shuō)明，可以通過(guò)兩種方式運(yùn)行腳本：一種是針對(duì)fastq文件的運(yùn)行，另一種是針對(duì)bam文件的運(yùn)行。以下是兩種情況下的運(yùn)行示例：

- 對(duì)于fastq文件：

```bash

python --s1 s1.txt --s2 s2.txt --gtf gtfFile --bi STARindexFolder -od outDir -t readType -readLength readLength [options]

```

- 對(duì)于bam文件：

```bash

python --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf gtfFile --od outDir -t readType --nthread nthread --readLength readLength --tstat tstat [options]

```

運(yùn)行以上命令后，您可以查看您的運(yùn)行結(jié)果，如果沒(méi)有報(bào)錯(cuò)并且生成了結(jié)果文件，則表示rMATS已經(jīng)成功運(yùn)行。

通過(guò)以上步驟，您可以在Ubuntu 16.04系統(tǒng)上順利安裝并運(yùn)行rMATS 4.0版本，為您的基因表達(dá)調(diào)控研究提供支持。祝您研究順利！