如何通過(guò)GenStat實(shí)現(xiàn)GGE雙標(biāo)圖
雙標(biāo)圖是農(nóng)作物多點(diǎn)試驗(yàn)數(shù)據(jù)分析中常用的方法之一。雖然有一個(gè)名為GGE-biplot的軟件可以繪制雙標(biāo)圖,但缺乏相關(guān)的使用教程,不太方便操作。而GenStat軟件完全可以實(shí)現(xiàn)相同的功能。本文將介紹如何通
雙標(biāo)圖是農(nóng)作物多點(diǎn)試驗(yàn)數(shù)據(jù)分析中常用的方法之一。雖然有一個(gè)名為GGE-biplot的軟件可以繪制雙標(biāo)圖,但缺乏相關(guān)的使用教程,不太方便操作。而GenStat軟件完全可以實(shí)現(xiàn)相同的功能。本文將介紹如何通過(guò)GenStat來(lái)實(shí)現(xiàn)GGE雙標(biāo)圖。
雙標(biāo)圖的應(yīng)用領(lǐng)域
雙標(biāo)圖在以下領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用:
- 品種評(píng)價(jià)-環(huán)境兩向表
 - 基因表達(dá)數(shù)據(jù)
 - QTL效應(yīng)-環(huán)境兩向表
 - 品種-性狀兩向表
 - 雙列雜交兩向表
 - 寄主-病原物兩向表
 - 基因型-遺傳標(biāo)記數(shù)據(jù)
 - 環(huán)境條件-作物性狀兩向表
 - 試驗(yàn)地點(diǎn)-氣候土壤因素兩向表
 
本文將針對(duì)四種不同類(lèi)型的雙標(biāo)圖進(jìn)行解讀,以展示如何通過(guò)GenStat軟件達(dá)到相同的效果。
Which-Won-Where View
Which-Won-Where View主要用于確定哪個(gè)品種在哪個(gè)環(huán)境中表現(xiàn)最好。以下是通過(guò)GenStat實(shí)現(xiàn)該視圖的步驟:
- 將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為三列:品種、地點(diǎn)和產(chǎn)量。
 - 打開(kāi)GenStat軟件,并找到相關(guān)的模型界面。
 - 選擇Which-Won-Where View,即哪個(gè)品種在哪個(gè)環(huán)境中是最好的。
 - 根據(jù)結(jié)果解讀,連接各個(gè)方向上距離最遠(yuǎn)的點(diǎn),將雙標(biāo)圖分為五個(gè)扇區(qū)。品種在每個(gè)扇區(qū)都有分布,其中一組品種在E5和E7環(huán)境中表現(xiàn)最好,其余品種在其他環(huán)境中表現(xiàn)最好。
 
Environmental Vector View
Environmental Vector View主要用于分析不同試驗(yàn)點(diǎn)之間的相似性。以下是通過(guò)GenStat實(shí)現(xiàn)該視圖的步驟:
- 將產(chǎn)量數(shù)據(jù)導(dǎo)入Y-variate框,將品種數(shù)據(jù)導(dǎo)入Genotype框,將環(huán)境數(shù)據(jù)導(dǎo)入Environments框,并在Options中勾選Connect environment scores with origin。
 - 根據(jù)結(jié)果解讀,從中心到各個(gè)環(huán)境做一條線段。兩線段之間的夾角的余弦值表示它們的相關(guān)系數(shù)。夾角小于90度表示正相關(guān),大于90度表示負(fù)相關(guān),等于90度表示不相關(guān)。線段長(zhǎng)度表示試驗(yàn)點(diǎn)對(duì)品種的區(qū)分能力。
 
Discriminating Ability VS Representativeness View
Discriminating Ability VS Representativeness View用于評(píng)估試驗(yàn)點(diǎn)的區(qū)分能力和代表性。以下是通過(guò)GenStat實(shí)現(xiàn)該視圖的步驟:
- 根據(jù)GenStat模型繪制雙標(biāo)圖,并增加平均環(huán)境軸和中心點(diǎn)之間的直線。
 - 根據(jù)結(jié)果解讀,試驗(yàn)點(diǎn)線段和平均環(huán)境軸的角度表示其對(duì)目標(biāo)環(huán)境的代表性。角度越小,代表性越強(qiáng)。線段長(zhǎng)度表示試驗(yàn)點(diǎn)對(duì)品種的區(qū)分能力。
 - 根據(jù)區(qū)分能力和代表性評(píng)價(jià),只有既具有區(qū)分能力又具有代表性的試驗(yàn)點(diǎn)才可以作為最佳選擇。
 
Mean VS Stability View
Mean VS Stability View用于評(píng)估品種的高產(chǎn)性和穩(wěn)產(chǎn)性。以下是通過(guò)GenStat實(shí)現(xiàn)該視圖的步驟:
- 根據(jù)GenStat模型繪制雙標(biāo)圖,并增加平均環(huán)境軸和與品種點(diǎn)垂直的直線。
 - 根據(jù)結(jié)果解讀,環(huán)境平均軸表示品種在所有環(huán)境下的平均產(chǎn)量走向。與平均環(huán)境軸垂線的長(zhǎng)度表示品種的穩(wěn)定性。
 - 綜合考慮產(chǎn)量和穩(wěn)定性指標(biāo),選擇具有高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)特點(diǎn)的品種。
 
通過(guò)GenStat軟件,我們可以實(shí)現(xiàn)GGE雙標(biāo)圖并解決品種生態(tài)區(qū)劃分、品種評(píng)價(jià)和試驗(yàn)點(diǎn)評(píng)價(jià)等問(wèn)題。