設(shè)計(jì)引物的時(shí)候，我比對(duì)氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對(duì)？我們需要設(shè)計(jì)退化引物，對(duì)嗎？最好使用CDs序列進(jìn)行比對(duì)，然后根據(jù)保守區(qū)域設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不

設(shè)計(jì)引物的時(shí)候，我比對(duì)氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對(duì)？

我們需要設(shè)計(jì)退化引物，對(duì)嗎？

最好使用CDs序列進(jìn)行比對(duì)，然后根據(jù)保守區(qū)域設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不適合設(shè)計(jì)引物。

從每個(gè)物種獲得的CD應(yīng)制作成FASTA格式，序列應(yīng)制作成純序列格式，沒(méi)有任何其他字符。與DNI、vector或其他工具（如atmen）進(jìn)行比較。

我們可以通過(guò)在比較結(jié)果中找到非常保守的區(qū)域來(lái)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。

設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)并引物可根據(jù)經(jīng)驗(yàn)公式自行計(jì)算TM值。別擔(dān)心得分。因?yàn)槟阒荒茉诒Ｊ氐貐^(qū)設(shè)計(jì)引物。

這是DNA序列比對(duì)。有保守區(qū)和非保守區(qū)。在我看來(lái)，底漆的3“端應(yīng)該位于最保守的區(qū)域。