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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中如何找GO富集分析上下調(diào)基因?

如何從轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)判斷KEGG富集的意義?提取樣品總RNA后,用帶有oligo(DT)的磁珠富集真核細(xì)胞mRNA(對(duì)于原核生物,用試劑盒去除rRNA,然后進(jìn)行下一步)。

添加片段緩沖液以將mRNA破碎成短片段。以mRNA為模板,用隨機(jī)六聚體合成第一條cDNA鏈。然后加入緩沖液、dNTPs、rna酶H和DNA聚合酶I合成第二條cDNA鏈,用qaquick法合成第二條cDNA鏈,純化PCR試劑盒,加入EB緩沖液洗脫,末端修復(fù),A+DNA測(cè)序,瓊脂糖凝膠電泳選擇片段大小。最后進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并用Illumina HiSeq 2000對(duì)測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序。

如何理解基因富集分析以及富集的意思?

基因富集分析是一種分析基因表達(dá)信息的方法。富集是根據(jù)先驗(yàn)知識(shí)即基因組注釋信息對(duì)基因進(jìn)行分類。